A Radical Entertainment Prototype című játéka 2009-ben jelent meg és szép sikereket aratott. Épp ezért nem is volt meglepő, mikor a csapat bejelentette a második részt, melyben azonban számos újítás is lesz.

Ilyen rögtön maga a történet, mely elég nagy csavarral indít. A második rész főhőse James Heller őrmester, aki megjárta az iraki háborút, majd Manhattanbe hazatérvén azt tapasztalja, hogy feleségét és gyermekeit megölte a Blacklight vírus. Heller felszívja magát és elindul a fertőzés gócpontjába és minden útjába kerülő mutánst elpusztít. Azonban a Vörös Zónában halálos sebet kap, ám mielőtt végleg kilehelné a lelkét megjelenik Alex Mercer, aki "megmenti" őt és megfertőzi a vírussal.

Heller hála helyett azonban Mercert tartja felelősnek a vírus elterjedéséért és ezáltal a családja haláláért is és ezért bosszút esküszik. A Radical szerint ez azonban csak az A-történeti szál, mert lesz egy B is, mely az előző részben már bemutatott összeesküvés-vonalat viszi tovább.

Sokan kritizálták a Prototype első részét azzal, hogy túl hamar unalomba fulladt a kalandozás és túl nagy területet kellett bejárni két küldetés között. A Radical szerint ezt megpróbálják kiküszöbölni a folytatásban. Ez annyit jelent, hogy a város több részre lesz osztva és bizonyos területekre csak akkor juthatunk tovább, ha az előzőn található fő küldetéseket már teljesítettük. Természetesen számtalan mellékküldetés is lesz, melyekkel megpróbálják változatossá tenni a játékot.

A bemutatott jelenetek alapján Heller jóval "tökösebb" lesz, mint Mercer volt. Ráadásul a fejlesztők azt is elárulták, hogy új hősünk számos olyan dolgot tud majd, melyet elődje még nem. Ennek oka, hogy Mercer folyamatosan küzdött a vírus ellen és ezért az nem tudta átvenni teljesen a hatalmat felette, ám Heller elfogadta a "betegségét" és ki is használja azt célja elérésének érdekében.

Bár a játék csak 2012-ben jön, a Radical már az esetleges DLC-k tartalmáról tárgyal a kiadó Activisionnel, akik nagyon bíznak a sikerben.