A készülékek ugyan megkönnyítik a termékek gyártását, de komoly biztonsági kockázatot is hordoz a használatuk.

A technológia ugyan áramvonalasíthatja a gyártást, azonban az alkalmazásának komoly kockázatai vannak. Mindez elsősorban arra vezethető vissza, hogy sok 3D-nyomtató csatlakozik a világhálóhoz, ezáltal pedig könnyen a bűnözők célpontjaivá válhatnak, akik titokban belső hibákat helyezhetnek el a gyártási folyamatokban, s ezek a hibák ráadásul eleinte fel sem tűnnének. A legnagyobb veszélyt az jelentheti, hogy ha egy bűnözőnek vagy bűnözői csoportnak sikerül átvennie az irányítást egy vagy több 3D-nyomtató felett és ezáltal szabotálják a munkát. Elég például csak arra gondolni, hogy egy autó vagy repülőgép hány alkatrészből áll és adott esetben azok közül néhány már ilyen berendezésekkel készül. S előfordulhat, hogy pont a 3D-nyomtatókkal készített alkatrészek nem fognak működni és máris megtörténik a baleset. A biztonsági szakemberek szerint mindez már a közeljövőben nagyon valószínű forgatókönyv lehet.

Nikhil Gupta, a New York-i Egyetem professzora és kollégái tanulmánya szerint ha a hackerek képessé válnának a 3D-nyomtatókhoz való hozzáférések megszerzésére, akkor az a felhasználók számára pusztító következményekkel járna, ráadásul a különböző termékek visszahívásához és perekhez vezetne. Az elkövetők emellett megszerezhetnék a gyártási eljárások leírásait és a használt mintákat is. Steven Zeltmann, a tanulmány másik szerzője kiemelte, hogy a repülőgépipar is használ már 3D-nyomtatókat. A szabotázs kockázata ráadásul tovább nőhet, ha a gyártást kihelyezik harmadik félhez. A legfontosabb az lenne, hogy a készülékek ne csatlakozzanak az internethez, s ha az üzemeltetők a használt tervezési és más fájlokat titkosítanák.