Epizódcím: X-Akták: Mulder igazsága (X-Files: The Truth of Mulder)

Mulder ügynök fél éve visszatért az FBI-hoz, megint korábbi szakterületével foglalkozhat, a nehezen magyarázható gyilkosságok és halálesetek. Elismerik szakértelmét ezen a területen, és újra elnyerte kollégái, és néhány felsővezető bizalmát.
Muldert megkeresi egy lázadó, hogy Mulder az egyetlen, aki megmentheti az emberiséget. Mulder nem hisz neki, ekkor még nem is tudja, hogy egy szuperkatona kereste meg őt. Néhány részinformációt azonban mégis megjegyzett, és nem sokkal később saját nyomozásba kezd.
Rájön, hogy rajta kívül még mindig jó páran keresik az igazságot, de senki sem tud mindent. A szálak szerteágaznak, Mulder pedig belevág az utolsó nagy ügyébe.
Talál is az FBI-nál egy lelkes fiatal ügynököt (az egyszerűség kedvéért nevezzük John Gillnitznek), aki elkötelezi magát Mulder mellett, és karrierjét is kockára téve akar információkhoz jutni.
Mulder megint találkozik a szuperkatonával, aki bizonyítékot mutat Muldernek arra, hogy közel a vég. Mulder azonnal cselekedni akar, és Johnnal együtt nekivág a hosszú útnak, amely rengeteg akadályt rejt.
Mikor Scullyt értesítik, hogy Mulder eltűnt, azonnal tudja, hogy mi történhetett, és felkeresi az időközben szintén az FBI-hoz belépett Jimmy Bondot (Cápaveszély c. rész – The lone gunman sorozat), hogy állítsa meg Muldert, mert csak a saját életét veszélyezteti, minden más csak illúzió.
Jimmy egy régi ismerősétől kér segítséget. Yves Adele Harlow (Cápaveszély c. rész – The lone gunman sorozat) folytatta saját harcát apja ellen – több-kevesebb sikerrel –, ám ezt a felkérést nem utasítja vissza. Együtt indulnak meg Mulder után.
(Vagy Jimmy Bond helyett ugyanez a szál élne John Dagett-tel és Monica Reyesszel. Esetleg külön szálon később kapcsolódnának be.)
Mulder és a lázadó szuperkatona Alaszkába igyekeznek, ugyanis azt sejtik, hogy ott lehet valami, amit keresnek. Eközben John Gillnitz a Pentagonba próbál meg bejutni, abba a bizonyos helységbe, amiben többször láthattuk a cigarettás férfit, és egyszer még Mulder maga is eljutott oda. Egy hasonló vakcinát keres, mint amivel már Scullyt egyszer megmentette.
Sikerül megszereznie a vakcinát, Mulder után ered, de nem tudja, hogy folyamatosan követik. Nem sokkal később találkoznak Seattle-ben, de amikor találkoznak valaki távolról lelőtte Johnt, aki azonnal meghal. Mulder és a szuperkatona a vakcinával a birtokukban kezd el menekülni az idegen elől.
Eközben már az FBI-nál is Muldert üldözik, a régi sérelmeket újra felhozva egy kivégzőosztagot indítanak Mulder felkutatására.
Scully tudja, hogy nagy veszélyben van Mulder, és igyekszik aktívan részt venni a keresésében, azonban édesanyja haldoklik, és nem akarja egyedül hagyni.
(…)