A Gaia-elmélet gyakorlatilag a csoportszelekció, vagy a koevolúció globális szintre történő kivetítése. A csoportszelekcióra sajnos a klasszikus Darwin-i, csak egyes fajokkal számoló, tisztán genetikai alapú szelekció nehezen értelmezhető, hiszen egymással nem szaporodási közösségben élő, de egymás létezési valószínűségét befolyásoló fajok kapcsolatát, fejlődését próbálja leírni. Ennek működését nem ismerjük igazán, és ezért a biológusok jelentős része vitatja is. A klasszikus, fajok, gének versengésén alapuló evolúció azonban pl már az olyan nagyon egyszerű lényeket is emiatt nehezen magyarázza, mint pl a zuzmók, vagy a mélytengeri un. "spagetti-szörnyek", vagy bármilyen szimbiotikus közösség. Pedig minden eukarióta sejtben így az emberben is található mitokondrium is egyfajta bizonyítéka annak, hogy az evolúció során, nem csak az adott fajra jellemző gének "önzősége" érvényesül.
Egy komplex dinamikus rendszer működésébe pedig beleférnek egyfajta biológiai "fázis-átalakulások", az akár spontán, a rendszer belső dinamikájából következő fajkihalások is értelmezhetők így. A bioszféra egyfajta állapotáról, áttér egy másikra. Az egyikhez tartozó élőlénycsoport kihal, az újabb, valamilyen szempontból fittebbnek tekinthetők elszaporodnak.