Pontosan ez a választási pont a két frakció között. Ha beszállsz a testvériségi vertibirdbe a léghajón, akkor az intézet lesz az ellenséged, ha az intézetből elteleportálsz a teleportszobából a küldetés helyszínére, akkor meg a testvériség lesz az ellenséged.

Nem arról szól a "folytasd a munkát Atyával", hogy várakoznod kell, hanem pont ennek a küldetésnek az elindítását (ami a testvériséget ellened fordítja).

Ha az Intézet az ellenségeddé válik, akkor a szabadítós vasútküldetés (és minden más nem befejezett vasútküldi) elbukik, jön egy másik lezáró küldetés, ami viszont a polgárőrökre testálja a bejutást és az Intézet elintézését. A lezáró vasútküldetés után nincs több vasút-küldetésre lehetőség.