de azok után már nyílnak ki branch (oldalakhoz kapcsolódó) küldetések, amelyeknél figyeli, hogy az intézettel milyen kapcsolatban állsz (pl. ha ellenséged lesz az intézet, bizonyos küldetések nem jelennek meg a vasútnál, és nem is lehet rajtuk tovább menni), talán valamelyiknél még azt is, hogy melyik branch segítségével jutottál be az intézetbe. Persze nem mindig erről van szó.
Szóval nem csomó küldetésről van szó, de előfordulhat. A harmadik felvonás nyit meg jó néhány főszál-küldetést.