Amennyiben nekiállsz a bentieknek másodlagos feladatokat csinálni akkor nagyon el lehet nyújtani a dolgot. A részlegvezetők tudnak adni feladatot dögivel.

Az, hogy mennyire lesz egyértelmű a választás az attól függ mennyire jól érted a szöveget. A kapott feladatok céljait ha érted, abból leszűrheted mihez fog vezetni. Például ha nekiugrasztanak egy általad is ismert frakció egyik telephelyének vagy embereinek, akkor tudhatod, hogy ott nagyon sanszosan elvágod magadat náluk és ellenséggé válsz, azaz a feladataikat már nem tudod csinálni, lehet, hogy le is kell öljed őket.
A program nem fog feldobni egy ablakot, hogy szóljon (bár egyesek azt mondják nekik szájukba rágta a program egy külön kis felugró ablakkal, hogy akkor ők most már az x frakcióhoz tartoznak), a döntésednek milyen következménye lesz.

Békés, nem túl vérengző befejezés csak 1 van a négyből. A másik három esetében vérfürdőt kell rendezni a frakciók között és legalább kettőt el kell tenni láb alól (elég gyűlölködő brigádok ezek, aki nem velem van az ellenem/aki nem azt gondolja amit én az ellenség mentalitás süt mindegyikből), egyet meg legalábbis befenyíteni vagy meggyengíteni, hogy ne avatkozzon közbe. A csoportok céljaiból elég könnyű rájönni, melyik a legbékésebb banda a 4 közül (Railroad/Brotherhood of Steel/Minutemen/Institute).

Fő feladatból igazándiból ad az institue-ban Father egy pár bemelegítőset, bár a második - battle at Bunker Hill - az mindjárt be is tart legalább 1 frakciónak (attól függően, megcsinálod teljesen az opcionális feladatot vagy sem). Már ennél a másodiknál eldöntheted, hogy inkább más mellé állsz, és akkor ennek megfelelően kell kivitelezzed a feladatot.

Amennyiben meg az institute-tól kilépsz (van rá több mód is), akkor az általad favorizált frakciónál még lesz 3-4 fő feladat (mindhárom brigádnál csak ez a 3 feladat tartozik a main vonalhoz, az összes többi másodlagos/mellékszál). Konkrétumok nélkül egy reakcó a döntésedre, egy infógyűjtés, egy támadás előkészítés (hozz el valamit ami kelleni fog a támadás során) és maga a támadás (bejutás és zúzzunk!).

Institute oldalon a célok mások, ám a harcokról persze ott sem kell lemondani. Mindössze ezen a vonalon több a főbb feladat, mert sok vackot igénylenek majd, ami után lehet futkosni (itt a második Father adta feladat után még olyan 5 főbb feladat lesz a befejezésig).