Sajnos így van valahogy.

Ha az Institute oldalt választod a végén, akkor annyi a Railroadnak (illetve félig mentheted őket) meg a Brotherhoodnak.
Ha a Railroadot, akkor az Institute és a Brotherhood megy a levesbe (ők mindenképp).
Ha a Brotherhoodot, akkor az Institute és a Railroad megy a levesbe (ők mindenképp).
Ha a Minutemant, akkor az Institute és elvileg a Brotherhood.
A Minuteman ellen senki se harcol, ők pedig békén hagyják a Railroadot.