A cyber Sub-Zero a jó oldalon álló Sub-Zeróból lesz. a Lin Kuei klán ráállt a cyborg gyártásokra. Sektor és Cyrax is emberekként vannak a story módban később ők is robotok lesznek. Ők kapják el Sub-Zerot és belőle is robotot kreálnak, csak ő továbbra is a jó oldalon harcol majd.