Mert az Alpha relé felrobbantásával odalett az egész csillagrendszer, amiben egy batáriai kolónia volt, több milliárd lakossal. Magyarul Shepard kiirtott egy egész bolygót. Ez eléggé hazavágta a batáriai-ember kapcsolatokat, ezen kívül jobb helyeken háborús bűnnek számít (még ha a jó cél érdekében is), még hazaárulásnak is felfogható, mert gyakorlatilag háborút szított a batáriaiakkal. Ha Shepard nem tette volna azt amit az ME 1 és 2 során tett már rég kivégezték volna. Az csak külön hab a tortán, hogy egy terrorszervezettel (Cerberus) működött együtt. A Normandy-t pedig lefoglalták és besorozták az Alliance flottába. Az, hogy mi lett a többiekkel majd kiderül a játék során, régi történetmesélő fogás, hogy nem lőnek le minden poént az elején. Gondolom leléptek, mivel a megbízatásuk csak az öngyilkos küldetésre szólt.