Logikai bakik:
1. Ha a Catalyst végig ott volt a Citadelen miért kellett hátrahagyni Sovereignt? Hiszen ő végig az első sorból nézte a fajok fejlődését.

2. A Catalyst miért nem nyitotta meg a Citadel relét a reapereknek az első részben. A protheanok csak a keepereket írták át, hogy ne reagáljanak Sovereign jelére. Ez most vagy logikai baki, vagy a reaperekt irányító szuper AI vagy mi képtelen irányítani a saját fizikai "testének", Citadelnek a rendszereit.

3. Ha a reapereket irányító Catalyst a Citadelen van miért nem a mentek a reaperek egyből oda, nem hiszem, hogy a Citadel flotta meg tudta volna őket akadályozni. A saját irányítójuk védelmének a bebiztosítása azért elég stratégiai fontosságú lenne, még akkor is, ha nincs közvetlen veszélyben. Meg eddig mindig is ezt csinálták, most sincs értelme hogy másképp cselekedjenek, max annyi, hogy a Citadelnek nincs igazán stratégiai jelentősége azonkívül, hogy az a fő relé. De van, hiszen ott a Catalyst, meg a tanács, meg onnan lekapcsolható lenne az egész reléhálózat amivel még azt az apró ellenállást is le lehetne törni...

4. Hova tűntek a csapattársaink miután Shepet elkapja a lézer. Elfutottak volna, anélkül, hogy megnéznék Shep él-e? Én nem úgy ismertem meg őket. Nem folytatták tovább az útjukat a felvonósugár felé, hogy ha kell Shep nélkül is véghezvigyék a küldetést mint Anderson?

5. Miért jelentek meg a földi csapattársaink a Normandy-n a záróviodeóban? Hogy kerültek oda? Felvette őket Joker vagy más? Shepet miért nem? Hogy juthatott volna be bárki is a halálzónába, ahova nem tudtak még légi támogatást sem küldeni?

6. Miért lépett le Joker? Ő sem az a típus aki elmenekül egy csatából. Ha az a befejezésünk, hogy a robbanás letarolja a Földet akkor érthető, hogy az elől próbál menekülni. De a többi esetben az energia csak a reaperekkel variál, semmi mással, nincs értelme elmenni.

7. Miért nem vitatkozott Shep a Catalyst-tal? Az eddigi részekben mindenkivel leállt vitatkozni, hogy meggyőzze őket a saját igazáról szép szóval, csúnyával, vagy fegyverrel. Megértem, hogy értelmetlen lett volna egy hosszú szellemi vita, hiszen Shep már gyakorlatilag félholt volt, de ez így akkor is karcsú. Legalább is nekem az volt.

8. A Catalyst elméletét a szintetikus-organikus összeférhetetlenségről körberöhögi a geth-quarian béke (ha sikerül) és a Joker-EDI páros. Egyébként van ráció abban amit a Catalyst mond, csak látható, hogy nem feltétlenül és nem minden esetben igaz. Legalább a befejezésekben ezt helyre lehetett tenni.

9. Ha a szintetikusok és az organikusok egybeolvasztása a legjobb megoldás és az élet magasabb szintű formája miért nem ezt vitte véghez a Catalyst a reaperek megteremtése helyett? Miért csak akkor jutott eszébe mikor rácsatlakoztatták a Crucible-t? Vagy mégsem lenne annyira intelligens mint amilyennek beállítja magát?

Hogy miért összecsapott:
Látszik, hogy a fenti dolgok nincsenek teljesen átgondolva. A 4. pont, vagyis, hogy hova lettek a csapattársak benne lett volna. Eredetileg megölte volna őket a lézersugár. De ezt a jelenetet valamiért kivágták és a helyére nem raktak be új magyarázatot.

Le van húzva a végén:
Hiába hoztad össze a galaxist, a reaperek legyőzése után semmi jelentősége nincs. Sokunknak szarul esett, hogy a világ aminek a megmentéséért mindent elkövettünk így is úgy is elpusztul. Csak az a győzelem, hogy a fajok életben maradnak, ez is nagy dolog, de ha az eddigi részekben lehetőségünk volt minden esély ellenére elérni a legjobb megoldást itt is lehetett volna minimum annyi, hogy ha Shep meg is hal, legalább maga a világ megmarad. De ha lett volna egy összegzés, amit te is hiányolsz talán én sem jönnék elő ezzel.