Biokémia és más interdiszciplináris tudományok
-
#80
elkészültek a képek (:
mindent MOE-al csináltam, direkt az 1LBT.pdb-ből, hogy bemutassam a lipáz működésének modelljét.
1. A megnyitott pdb fájl a két enzimmel, amint említettem:
2. A jobb oldali enzim kitörlése után, és a T80-as beszínezett szubsztrát az aktív centrumban.
3. Az fehérje megjelenítését átváltottam; az aktív centrum közelebbről, H-ek hozzáadása után (ezt nem tartalmazza a pdb, mert a felbontása túl kicsi volt a szerkezetfeloldásnál), valamint a két fontos szerpet játszó oldallánc, a 105-ös szerint (SER_105) és a 224-es hisztidint (HIS_224) megjelöltem
4. A fölösleges H-eket elrejtettem a láthatóság kedvéért, bejelöltem 2 távolságot
5. A katalízis első lépéseinek eredménye, a Ser nukleofilizálása a His által, majd a nukleofil támadás a szubsztrátra
6. Optimalizáltam a Ser körüli részt, főképp a kötéstávolságok miatt, bejelöltem a következő lépést.
7. Az alkohol termék létrejötte
Az ezután következő lépés az OH kidiffundálása és egy H2O molekula elhidrolizálja a szubsztrát enzim komplexet és kialakulnak a termékek, valamint az alapállapotú enzim.
Szerintem ezen a példán is nagyon jól látszik az enzimek szerepe, hogy csökkentsék az aktiválási gátat, az által, hogy "beágyaznak" a közti állapotoknak, így kedvezőbbek lesznek a lépések.
remélem tetszett (: