Ezio családját kivégzik. Rájön, h az apja assassin volt. Megbosszulja a családját, de közben kiderül, h sokkal nagyobb dolgok vannak a háttérben, mint azt ő gondolta. Az egész sztori az éden gyümölcse körül forog. Ez egy nagy hatalommal bíró tárgy. Kinyír mindenkit, akinek köze van a családja halálához, bla, bla, bla és a végén a pápával áll szembe Vatikánban. Ugyanis megtudja, h Vatikánban van egy földalatti rejtekhely, ahol vmi nagy dolog van és az éden gyümölcsével nyitható ki. Elmegy Vatikánba, ott harcol a pápával, akiről már korábban kiderül, h ő felelős Ezio családjának a haláláért és aki be akar jutni ebbe a föld alatti izébe. Ugyanis úgy gondolja, h ott van Isten és ha kinyírja, akkor nagy hatalma lesz. Szal Ezio elmegy Vatikánba, harcol a pápa ellen, a pápánál van egy másik nagy hatalmú tárgy, az a bot izé. Ezio legyőzi, bemegy a földalatti izébe. Ott találkozik egy hologramszerűséggel. Beszélget vele, kiderül, h egy fejlett civilizáció képviselője és az övéké az éden gyümölcse pl és ők azok, akiket régen az emberek isteneknek hittek. A hologram beszél Desmondhoz, elmondja, h az ő kezében van az emberiség sorsa, Ezio kérdezik, h wtf ki az a Desmond. Desmond meg, h wtf honnan tudja a hologram izé, h ő ott van. Jönnek a templomosok, Desmond kiszáll a gépből. Eziotól tanult képességeivel legyőzi őket és lelépnek. Ennyi :).