én se tudtam nagy vonalakban kivenni a teljes storyt:
Alex Marcer a GENTEKben dolgozott, fölkérték, hogy vigye a vírus mintáját amiről ő maga semmit sem tudott, de '69-ben Hope, Idaho-ban kísérleteztek, és minteg 1068 embert beoltottak a vírussal. A vírus elszabadult de ott sikerült megállítani. ám egy valaki túlélte az egészet Elizabeth Green 19 éves csaj, aki a vírus hatására nem öregedettsemmit, de egy kicsit... hát, gonosz lett.
Alex (nah itt nem volt teljesen tiszta hogy mi nem tetszett neki, amikor semmit sem tudott róla) de elege lett és a földhöz vágta a mintát. Ezért fogták és szitává lőtték. Ám a vírus gazdatestet talált magának benne, és tulajdonképpen Alex Marcer megszűnt létezni, akivel te játszol az maga a vírus!!

A játék közben amikor még tök hülye vagy ki engeded Elizabethet, aki folytatja fertőzgetéseit. És később meg is kűzdesz vele mint a bazi nagy kukaccal!
Ám Elizabeth Green a fertőzés pillanatában terhes volt, így mikor megszületett a gyerek Elizabeth fedőneve: Mother (anya) és a gyereké pedig: Pariah (ha jól emlékszem, amúgy ha jól emlékszem akkor ennek a jelentése, a társadalomból kitaszított ember, ami még egész találó is). A gyereken látszólag semmi elváltozás nem történt (amúgy itt nekem megint ködös a történet, véleményem szerint Pariah nem más mint Captain Cross, aki a végén átváltozik és akivel a végén megkűzdünk)

A tábornok meg csak egyszerűen fel akarta robbantani a bombával egész manhattent le tudva ezzel az egész fertőzéses dolgot