A történetben Nero-t, az Order nevű rejtélyes szervezet tagját alakítjuk, akik a vallás erejét felhasználva próbálják kiirtani a gonoszt a Földről. Természetesen az ilyen szervezeteket a háttérben általában sokkal gonoszabb és kapzsibb célok vezérlik. Itt sincs másképpen ez, viszont a sztori elején ezt nem tudva üldözőbe vesszük Dante-t. Ő az előző részek vagány főhőse volt, most brutális gyilkossá vált, vagy más cél vezérelte, mikor megölte a szervezet főpapját.