A játék a jövőben (egészen pontosan 2012-ben) kezdődik, Desmond-ot irányítod, akit egy társaság tart magánál akarata ellenére. A cég felfedezte, hogy elődeink emlékeit a DNS-ünkbe ágyazva mi is továbbvisszük, egyfajta genetikai emlékezetként. Egy Animus nevű géppel ezen emlékek újraélhetőkké válnak, és ezen gép használatára kényszerítik főszereplőnket. Egy konkrét emléket keresnek (azt nem hajlandóak közölni miért), amelyet Desmond egyik őse, Altair élt át, aki a középkorban a Creed rend bérgyilkosa volt. Viszont Desmond agya valamiért blokkolja ezt az emléket, így egy korábbi időpontról kell indulni, kvázi "újraélni" az emlékhez vezető pár napot, így kezdődik Altair története.

Altair sztorija elég szerencsétlenül indul: egy rosszul sikerült misszió után megfosztja a rend a rangjától és felszerelésétől,még meg is szúrják egy tőrrel (kis híján meg is hal) . A küldetés a templomos lovagok egy becses tárgyának megszerzésére irányult, mely végül is főszereplőnk "kollégájának" jóvoltából sikerrel járt. Hogy visszaszerezze becsületét, Altair-nak 9 nagyhatalmú templomos vezetőt kell eliminálnia, szép lassan visszanyerve felszerelését és képességeit.

A gyilkolás-sorozat meg is kezdődik, azonban az áldozatok a haláluk előtti vallomásokban meglepő dolgokat mondanak. A rend tájékoztatása szerint, ezek mind gonosz emberek (ezért is kell őket eliminálni), a népet sanyargatják, ám haláluk előtt mindannyian meg vannak arról győződve, hogy cselekedeteikkel valamilyen módon a jót kívánták szolgálni. Ez elég sok kérdést vet fel Altair-ban, a rend vezetőjét rendszeresen kérdőre vonja, aki (biztosítva hősünket arról, hogy a rend feladata továbbra is a béke és a harmónia fenntartása) minden alkalommal lecsillapítja őt.

Mindeközben 2012-ben Desmondnak rendszeres szüneteket kell tartania a gép használatában, így marad egy kis ideje pihenni, illetve a kísérlet vezetőjének asszisztensével Lucy-val beszélgetni. Kiderül, hogy bár öként jelentkezett a programba, Lucy is ugyanolyan fogoly mint Desmond, és várja, hogy mikor szabadulhat el a cégtől. Továbbá Lucy, egy kolléganője sajnálatos haláláról érdeklődik a vezetőségtől, de mindig elutasító választ kap, és semmit sem sikerül kiderítenie (email levelezésben olvasható ez a szál). Mindeközben Desmond-ot fura álmok is gyötrik az Animus használatának szüneteiben.

Közeledve a cél-emlékhez Altairnak már csak 1 célszemély marad: egy templomos vezető. Folyamatos kérdései miatt a rend vezetője kénytelen fényt deríteni a legelső (Altair számára szégyent hozó) küldetés céljára: egy nagyhatalmú szent relikviát szereztek meg a templomosoktól (kis gömb, világít nagyon), melyet a templomosok vissza akarnak szerezni. A 9 célszemély az a 9 ember volt aki tud a relikvia létezéséről, ezért kell őket eliminálni.

A templomosok, hogy megszerezzék a relikviát, közben csellel maguk mellé állították a helyi uralkodót és közös támadást akartak az Assasin-ok városa ellen indítani. Altair rájött a veszélyre, és az utolsó pillanapban rámutatott az uralkodó előtt a templomosok hazugságaira. Az uralkodó úgy dönt Isten kezébe adja a döntést, így hősünk és a templomos vezető párbajjal döntik el ki hazudik. Altair győz, ám halála előtti vallomásában érdekes dolgokról rántja le a leplet. Eredetileg 10 templomosnak volt köze a relikviához, és az utolsó bérgyilkos rend vezetője, aki végig kihasználta Altair-t, hogy a konkurenciát eliminálja.

Végre elértünk a keresett emlékhez, Altair leszámolása volt mentorával, ahol végül bérgyilkosunknak sikerül felülkerekednie a relikvia által emberfeletti képességekre szert tett mesterén.

Az emlék ekkor véget ér, és Desmond arra ébred, hogy az Assasinok leszármazottai a létesítményt ostromolják, őt akarják kiszabadítani. Mint kiderül a cég a templomosokból áll, és a céljuk a szent tárgyak begyűjtése, amely egyikéről szóltak Altair emlékei. A támadás végül sikertelenül végződik, és ezzel a rendnek vége is, a templomosok az elmúlt egy évben módszeresen kiirtották a rend ma élő tagjait, a rohamozó csapat volt az utolsó.

A kísérletet vezető professzor beszámol a feletteseinek az eredményről, ha Lucy nem lépne közbe Desmondot (mivel hogy már nincs rá szükség) még ott kivégezték volna. Végül is megmarad, de egy furcsa változást vesz magán észre, képes Altair "látó" képességét használni. Mikor így körbenéz, látja, hogy a szobája falát valaki teleírta szövegel, számokkal, szimbólumokkal, melyek láthatóan vérrel vannak írva.

The end, jön a stáblista, ám még nem érdemes sehova sem menni, mert a létesítmény pár szobáját még be lehet Desmonddal barangolni. Amennyiben sikerült az Animus használata közbeni szünetekben megszerezni a szükséges kódokat pár email lesz a jutalmunk, amelyek érdekes dolgokat fednek fel:

-A cég egy rosszul sikerült kísérletében évekkel ezelőtt sokan meghaltak, ezt eltussolták, most viszont egy ismeretlen azzal fenyeget névtelenül, hogy nyilvánosságra hozza az ügyet.

-Lucy ezzel az ismeretlennel dolgozik együtt, és kémkedik a cég után titokban.

-Az "incidenssel" egy időben tragikus módon Afrika lakosságának 95%-a kihalt. A nagyhatalmak most Afrika felosztását végzik.

-A falon és a padlón lévő jeleket a Desmond előtti subject írta, miután emlékei összekeveredtek saját ősével (ezt hívják Bleeding Effect-nek).

-Ez csak egy projekt a sok közül, elég sok különböző relikviára rá van kattanva a cég.

-Mindez valahogy összefügg egy új, modern, telekommunikációs műhold fellövésével.



KB. ennyi. Elég sok kérdés maradt nyitva (szinte mindegyik), várjuk a folytatást szeretettel.