A játék a jövőben (egészen pontosan 2012-ben) kezdődik, Desmond-ot irányítod, akit egy társaság tart magánál akarata ellenére. A cég felfedezte, hogy elődeink emlékeit a DNS-ünkbe ágyazva mi is továbbvisszük, egyfajta genetikai emlékezetként. Egy Animus nevű géppel ezen emlékek újraélhetőkké válnak, és ezen gép használatára kényszerítik főszereplőnket. Egy konkrét emléket keresnek (azt nem hajlandóak közölni miért), amelyet Desmond egyik őse, Altair élt át, aki a középkorban a Creed rend bérgyilkosa volt. Viszont Desmond agya valamiért blokkolja ezt az emléket, így egy korábbi időpontról kell indulni, kvázi "újraélni" az emlékhez vezető pár napot, így kezdődik Altair története.

Altair sztorija elég szerencsétlenül indul: egy rosszul sikerült misszió után megfosztja a rend a rangjától és felszerelésétől, majdnem meg is ölik. A küldetés a templomoslovagok egy becses tárgyának megszerzésére irányult, mely végül is főszereplőnk "kollégájának" jóvoltából sikerrel járt. Hogy visszaszerezze becsületét, Altair-nak 9 nagyhatalmú templomos vezetőt kell eliminálnia, szép lassan visszanyerve felszerelését és képességeit.