A Macska mondja, hogy Wonderland megmenekült... legalábbis egyenlőre.

Bumby, aki ezek szerint rosszabb, mint az első rész Szív Királynője, halott, Csodaország pedig helyrejött

Bumbyhoz kerül. Ez a pasas ismerte a Liddell családot, gyakran járt náluk és titkon molesztálta Alice idősebb nővérét. A nővére megfenyegette, hogy kitálal. Ezért elment Alicékhoz egy este, megerőszakolta és megfojtotta nővérét. Majd rázárta az ajtót, az emeletről levitte a lámpást és felgyújtott az nappalit, ami tele volt könyvekkel, hogy fedezze a bűntényt. Az hogy Alice túléli, a véletlen műve. Alice hiába tette rendbe az elméjét, nem emlékezet mindenre részletre rendesen.
Bumby magához vett ilyen-olyan gyerekeket és "törölte" a memóriájukat, és amolyan tudatlan rabszolgákat csinált belőlük akiket prostituáltnak és kerítőnek meg még kitudja minek "eladott". Alice kapóra jön neki, törölheti a memóriáját illetve további "felhasználásra" jó lesz az. Azzal nem számolt, hogy Alice elméje máskép működött és képes ellenállni a hipnózisnak (nem kis arroganciával a nővére szoba kulcsát használja Bumby a hipnózishoz, amit megtartott szuvenírnek). A hipnózis miatt Alice tudata bedől és az emlékezet törlés egy vasút formájában jelentkezik, ami szétrombolja Wonderlandet. És ismételten, ha Wonderlan elpusztul, akkor Alice személyisége is végérvényesen elveszik. A vasút mint vízió külső behatás. Pont Bumby épülete mellet építik ki. Láthatjuk a játék elején még csak építik, de a végére már kész. A történetet ismerjük. A végére Alicnak sikerül felülkerekednie a Babakészítőn, rájön, hogy mi is történt azon az éjszakán és konfrontálódik Bumbyval az állomáson. Mikor Bumby kifejti, hogy senki sem árthat neki, mert egy egykori mentális betegnek senki sem fog hinni Alice belöki a szerelvények alá. Wonderland helyreált, Alice megmenekült.

Azt viszont én sem tudom, hogy miért ölte meg Lizzie-t. Továbbá az sem világos, hogy Alice-t miért nem próbálta megölni.

ÉS MÉG VALAMI: az első rész úgy kezdődik, hogy a videóban mutatják, amint a cica lelöki a petróleum lámpát és felgyulladnak a könyvek... Itt meg ugyebár mást tudunk meg. Ez csak nekem fura? :)

Az ajtó bezárása: igen, valószínűleg Lizzie-t már a szobában megölte, az ajtót pedig azért zárta kulcsra, hogy ne tudjanak bemenni. Az egyik video bejátszásban benne is volt, hogy az apjuk kiabál, hogy "Lizzie nyisd ki az ajtót, mert benn égsz" vagy valami ilyesmi. Aztán Alice is visszaemlékszik, hogy a nővére sosem zárta be az ajtót! Na, így már volt értelme bezárni, mert ha nem zárja be, a szülők bemennek, látják, hogy a lány halott, esetleg túlélik, és elmondhatják a rendőröknek, hogy valaki megölte a lányt.
Alice az ablakon mászott ki, mert látta, hogy Dynah, a cicája ott ugrik ki, és ő utána ment.