Az átvezető filmekből megtudhatjuk mi történt a múltban: Atlantis 3 uralkodója közül az egyik, Natla, a többiek ellen fordult. Sereget akart létrehozni és a többiek ellen fordítani. A célja valami hetedik korszak elhozatala volt, de hogy ez pontosan mit takar nem derül ki, bár valahol megemlíti hogy az evolúció új lépcsője lenne). Mindenesetre elbukott és a másik két király sztázisbörtönbe zárta. Sok ezer évvel később egy kisérleti atomrobbanás következtében Natla kiszabadul és ott akarja folytatni ahol abbahagyta. Létrehoz egy vállalatot (Natla technologies) és kincsvadászokat bérel a scionok felkutatására.
innentől gondolom követhető a sztori, Natla at egész emberiséget el akarja söpörni és teremtményeivel elárasztani a Földet. Larának a végső csata előtt felajálja az egyik király helyét, vele a halhatatlanságot meg az ősök minden tudását, de persze jó hősnőhöz illően ezt visszautasítja :)