1. Miért vonulnak vissza a csapatok, mikor Harbinger őrizetlenül, hagyta az utat a Citadellához, miért nem látja senki Shepardot, mert a rádibóban az hallani, hogy az egész támadó csapatot kiirtották. Érdekes, hogy ezután Anderson mégis azt mondja, hogy Shepard után ment, és Hackett is tudja, hogy Shepard bejutott a Citadellába.
2. Hogy jutott be Anderson? A terembe ahol a konzol van, csak egy út vezet, ha utánunk jött, akkor csak arról jöhetett, amerről mi is, még is már ott vár minket, és megint csak ismétlem teljes visszavonulást rendeltek el mielőtt mi bejutottunk.
3. Hogy jutott be Illusive Man? (Bár erre még rá lehet fogni, hogy a Reaperek mutattak neki egy titkos utat.)
4. Miért nem tudunk normálisan beszélni a Catalyst-tal, miért nem tudunk tőle kérdezni?
5. Miért van az, hogy az irányítás (Illusive Man terve) a kék színű (paragon) és a pusztítás (Anderson és egészen eddig Shepard terve) a piros (renegade), ja és Illusive Man lelövése miért renegade tett, hisz Andersont és magunkat mentjük meg vele? Mint ha hirtelen megfordult volna a jó és a rossz fogalma.
6. Nem érdekes, hogy a Synthesis, ami tökéletes befejezésként van beharangozva, az teljesen megegyezik azzal, amit Saren akart az első részben? Ő is pont ezt mondja, hogy ő maga a jövő, amit a reaperek akarnak, az élő és a szintetikus egyesítése, és ő igazából milliárdokat fog megmenteni, mert beteljesíti ezt az egyesülést.
7. Váltás, hova igyekszik a végén a Normandy, az összes csapattársunk eddig úgy beszélt, mint aki haláláig fog küzdeni, mégis a csata kellős közepén ők éppen valahova nagyon igyekeznek el. Külön érdekes, hogy a két velünk lévő csapattársunk is hirtelen a fedélzeten terem.
8. Ha a pusztítást választjuk, akkor ki a végén a földön fekvő ember, aki fellélegzik, mert eléggé Shepardra hajaz, ha ő, akkor mégis hogy került oda a felrobbanó Citadelláról, ha nem ő, akkor mi értelme van ennek a jelenetnek, hisz előtte már mutatták a túlélő földi seregeket. Bár megjegyezném, hogy nem hiszem, hogy túl sok N7-es katona rohangál a világban.