A BioShock 2 7 évvel játszódik azután, hogy elintéztük Fontaine-t, és így mi vettük át a hatalmat. A rossz vég szerint világuralomra akarunk törni a splicerek stb. segítségével. Viszont sok little sister-t megöltünk a BioShok során, így azokat pótolni kell. Ezért történnek a gyerekrablások.
Ha a BioShock 2-ben viszont a nyomozót alakítjuk, akkor lényegében az első rész főhőse (Jack) ellen kell felvennünk a harcot.
#70