Nem keverik bele az X2-t, de mivel annó az X2-ben úgy indul a játék, hogy President End megsemmisül egy váratlan Khaak támadásban, így logikus, hogy az a rendszert védő Argon hajók roncsai ott maradnak.

És az X3 Reunion-ban is ott vannak a roncsok President Ends-ben.

Földi év:2912 (X-év:742)-ben X-BTF: Kyle Brennan (mi) az új terran jumpdrive hibás ugrását követően bekerülünk az X univerzumba. Feladatr megtalálni a haza vezető utat. Megöljük a Xenon M0-t Xenon 101 rendszerben. Később Kyle Brennan eltünik az X univerzumban.

X-Tension: Elena Kho-t utánnunk küldik, hogy találjon meg és vigyen haza, de az ő hajójának a hajtóműve is javíthatatlanul meghibásodik.

X2 The Threat: Julian Gardna (mi) börtönben vagyunk, de sikerül ellopnunk egy hajót, később Ben Danna, Kyle jóbarátja új esélyt ad nekünk, cserébe a TerraCorp-nak kell dolgozni. A Terracorp vezetője Ellena Kho, lánya Saya Kho lesz a társunk. A story vége fele a Khaak támadást sikeresen visszaverik az Omicron Lyrae-i csatában. Juilan és Saya nemzeti hős. Ebben a részben derül ki, hogy Ellena és Kyle egy rövid időre találkoztak, aztán szétváltak. Ben és Kyle a Xenon M0 elpusztitása során ismerték meg egymást, jóbarátok lettek. Ellena és Ben továbbra is tartotta a kapcsolatot egymással, próbálták megtalálni Kyle-t amennyire idejük engedte. A Story közben ráutalással Julian kideríti, hogy Kyle Brennan az apja, és hogy Ellena Kho az anyja, Ergo Saya Kho a testvére. Ezért nem is jöttek össze egyik részben se.

X3 The Return: Juilan Gardna és Saya Kho továbbra is együtt keresik apjukat és a Terranokhoz vezető utat. Eközben a Khaak támadások helyei és idejei különös egybeesést mutatnak hőseink útjával.