Komoly problémákkal kellett megküzdeniük a német légitársaság vezetőinek és szakembereinek. Szerda kora reggel ugyanis szinte teljesen leállt a Lufthansa csekkolási, vagyis az utasok bejelentkezését, jegykezelését és poggyászfelvételét intéző számítógépes rendszere.

A csekkolás általában a járatok indulása előtt két órával kezdődik. Ez a gyakorlat azonban most teljesen felborult és számos repülőtéren kaotikus állapotok uralkodtak. A légitársaságnak komoly nehézségeket okozott a saját járatainak indítása, illetve fogadása. A jelenség nem csak Németországban, hanem az egész világon éreztette a hatását és számos más légitársaság működésére is hatással volt. A Lufthansa flottájának egy része gyakorlatilag megbénult.

A számítógépes rendszer becslések szerint hajnal 3 és 4 óra között omlott össze és emiatt számos járat nem tudott felszállni. Az utasok sem a poggyászaikat, sem a jegyeiket nem tudták kezeltetni. Az emberek egy része kénytelen volt a repülőgépekben, a másik részük pedig még a terminálokon várakozni. A helyzet különösen a nagy távolságú légijáratok esetében volt súlyos és legtöbbeket a Los Angeles-i repülőtérnél érintette. Ott egy utasokkal teli gépnek kellett várakoznia és nem szállhatott fel. San Franciscóban hasonló volt a helyzet, azzal a különbséggel, hogy sok utasnak még nem kezelték a jegyét.

A helyzet súlyosságára jellemző, hogy Németországban a Lufthansa munkatársai néhány légikikötőben kézzel töltötték ki a szükséges iratokat és a számítógépes rendszer nélkül mondták meg, hogy melyik utas hova ülhet. A Lufthansa vezetői reggel bizakodóak voltak, úgy nyilatkoztak, hogy 7 óra 30 perckor újraindíthatják a rendszert. 7 órakor a technikusok azt közölték, hogy lokalizálták a problémát és megkezdték a kijavítását. A kialakult szituáció miatt a Lufthansa sajtóirodája azt közölte 7 óra 37 perckor, hogy az utasoknak világszerte átlagosan egy órás késésekkel kell számolniuk.